이집트에서는 현대에도 수천 개의 교회에서 예배가 열리고 있다. 콥트 정교회 신도들의 숫자는 20세기 후반기부터 증가세에 있는 것으로 알려지고 있다. 최근 들어 이집트 콥트정교회는 아프리카 각국에 기독교를 전파하는 근거지로서의 역할도 하고 있다. 일부 콥트 정교회 신도들은 이집트 이슬람정권의 차별을 피해 미국 , 호주 등으로 이주해 일정한 세력권을 형성해 살고 있다.  

현재 카이로에 위치한  Cave Church(콥틱교회)

이집트의 콥트정교회 신도들은 639년 아랍의 이집트 정복도 별 저항없이 받아들였다. 그러나 콥트어 대신 아랍어가 공용어가 되었으며, 기독교도들은 신앙을 지키는 댓가로 지즈야라는 세금을 내야했다. 이후 콥트정교회는 쇠퇴 일로를 걸었다. 변덕이 심한 이슬람 슐탄들은 기독교도들의 재산을 빼앗고, 공직임용을 거부하고, 심한 경우 국외로 추방하는 경우도 잦았다. 다만 십자군을 물리쳐 이슬람의 가장 위대한 지도자로 통하는 살라딘은 콥트정교회 신도들을 공직에 임명하는 등 차별을 줄이려 노력하였다.